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人体肠道内寄生着10万亿个细菌，它们能影响体重和消化能力、抵御感染和自体免疫疾病的患病风险，还能控制人体对癌症治疗药物的反应。所以，肠道菌群一旦失调，就会引发各种疾病。
一、慢性腹泻与肠道菌群
慢性腹泻是一种常见临床症状。是指病程在两个月以上的腹泻或间歇期在2～4周内的复发性腹泻。慢性腹泻的病因诊断较为复杂，除一小部分属于致病菌引起外，大部分找不到明确的病因。现在肠道菌群失调作为慢性腹泻的病因已被人们充分认识，有人曾对57例各种原因引起的慢性腹泻人进行分析，发现9例为慢性痢疾，27例为一般性结肠炎，10例为黏液性结肠炎，11例为溃疡性结肠炎。最后的结论是：72%的慢性腹泻是原籍菌（原来就生长在该部位的）异常表现，并无外来菌参加。这一实验说明大部分的慢性腹泻是由菌群失调引起的。但需要注意的是，慢性腹泻中有很小的一部分是由结肠癌引起的。
二、肠源性内毒素血症与肠道菌群
肠源性内毒素血症简单地说就是肠道里的内毒素进入了血液。内毒素是革兰阴性杆菌细胞壁上的脂多糖的组成成分。革兰阴性杆菌是肠道的主要菌群之一，如果肠道内的革兰阴性杆菌量增多，内毒素水平也增高或肝脏的解毒能力下降，或两者同时具备的话，内毒素将进入血液，这就是内毒素血症。内毒素血症是一种临床疾病，它多见于肝脏疾病，特别是肝硬化，因为它是一个慢性的过程，所以它的发病形式也是一个隐匿的表现。
三、大肠癌与肠道菌群
医学家已广泛的研究大肠癌与肠道菌群的关系，现在可以肯定大肠癌的发病与肠道细菌有关。因为肠道细菌分泌的许多酶如β葡萄糖醛酸酶、硝基还原酶、偶氮还原酶、7—α羟基酶、胆固醇脱氢酶等，都与结肠癌的发生有关。研究表明，这些酶类本身并不致癌，我们的绝大多数食物也并不致癌，但是两者在一起就会变成了致癌物。比如在南太平洋一个关岛上，当地人大肠癌发病率非常地高，科研人员对其进行研究后，发现当地人吃了一种有果实的蕨类，含有致癌物苏铁苷，使当地人都患大肠癌。但是，科研人员也又发现了一个奇怪的现象：将苏铁苷喂给普通大鼠时就发生大肠癌，喂给无菌时则不发生，并且如果不经口给药也不发生。后来进一步的研究才发现，是肠道腐败菌分泌的酶，使苏铁苷水解成具有诱变活性的甲基偶氮甲醇，从而致癌。
四、肝病与肠道菌群
肝脏患病时，会影响肠道菌群的结构和功能，而肠道菌群失调时又会反过来影响肝脏功能，两者互为结果，引起机体一系列病理改变。
在肝炎、肝硬化中，由于胆汁分泌异常、免疫功能低下等因素，常会引起“小肠污染综合症”。此病能使大肠“定居”的菌群在小肠上部定植。可出现脂肪腹泻，维生素缺乏，碳水化合物及蛋白质吸收不良等临床表现。
慢性肝病是由于免疫功能低下，胆汁分泌异常，消化不良、营养不足，门静脉高压使肠道菌群失去平衡，慢性活动性肝炎病人4～30%有腹泻。通过厌氧培养发现，肝硬化病人粪便中类杆菌、双歧杆菌明显低于正常对照组，并与肝功能损害程度有一定的联系。对正常人及肝硬化病人进行检测，发健康人粪便中厌氧菌占绝对优势，需氧菌数量明显低于厌氧菌，而肝硬化者双歧杆菌、类杆菌、真杆菌等明显低于正常人，而大肠杆菌数明显增加。
五、胆固醇与肠道菌群
动脉硬化是胆固醇在动脉血管内膜上的一种沉积的表现，它可引起一系列不良影响，如血管壁脆弱，因此，胆固醇和胆汁酸代谢与成人患动脉硬化症有密切关系。在肠道菌群中，有的细菌对胆汁酸产生有益的代谢，有的细菌产生有害代谢，现在已知酪酸梭菌、凝结芽孢杆菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌等是有益的。很多研究证明酪酸梭菌的存在与血浆胆固醇的减少有直接关系。
六、焦虑、抑郁症与肠道菌群
焦虑与抑郁症可能由多方面的病因引起。如精神压力、心理因素、变态反应、营养缺乏或不平衡等。但是，也有证明，益生菌对治疗这类疾病很有效。由于益生菌在发酵蛋白性物质过程中，可水解蛋白质，释放出色氨酸和苯丙氨酸等氨基酸，因而对防治焦虑和抑郁症有益。也有研究指出，肠内毒素与焦虑和抑郁症可能有相当密切的联系。一旦由于各种原因造成菌群失调时，肠内有益菌减少就会使能水解蛋白质的菌减少，从而使色氨酸、苯丙氨酸减少，病情更加重，也可能是因为菌群失调，使原有潜在致病性的有害菌增多，内毒素增加，导致焦虑与抑郁症。
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