大肠肛门的主要生理功能有：
(一)吸收功能：
结肠的主要功能是吸收水分和电解质。回肠每日将-ml的内容物排入结肠，其中90%是水分，结肠可吸收其中80%的水分，而正常时，每日排出的粪便中仅有水分-ml和少量电解质。
结肠各部位的吸收能力不同，吸收功能以右半结肠为主，而左半结肠主要起贮存粪便的作用。
结肠的吸收功能受多方面因素的影响，如激素、体液等。结肠的一些炎症性病变、如溃疡性结肠炎等，也会减少其对水钠的吸收。
（二）传输功能：
结肠有3种运动形式，即顺蠕动、逆蠕动和集团蠕动。正常人结肠以恒定的速度将肠内容物向前传送，约5cm/h，进食后可达10cm/h。
临床上常用结肠传输试验评定结肠的传输功能，其方法为：口服20颗不透X线的标志物，分别于服药后每日摄腹部平片。正常人在服药后第3日至少排出标志物的80%，否则为结肠传输功能减退。
（三）排便功能：
当粪便充满直肠刺激肠壁感受器，发出冲动传入腰骶部脊髓内的低级排便中枢，同时上传至大脑皮层而产生便意。如环境许可，大脑皮层即发出冲动使排便中枢兴奋增强，产生排便反射，使乙状结肠和直肠收缩，肛门括约肌舒张，同时还须有意识地先行深吸气，声门关闭，增加胸腔压力，隔肌下降、腹肌收缩，增加腹内压力，促进粪便排出体外。
正常情况下，当直肠内粪便达ml左右，便可产生便意。便意持续时间短暂，直到直肠继续充盈到一定程度，会再次出现便意。
直肠肛门可延缓排便、鉴别粪便排出物的物理性质，以及在睡眠状态下控制排便，这些能力称为直肠肛门的排便节制功能。
正常时，排便动作受大脑皮质支配，受意识随意控制。但若经常抑制便意，会使直肠的初始感觉阈值增高，敏感性降低，加之粪便在大肠内贮存太久，会变干变硬，产生排便困难，严重时会引起慢性便秘！
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