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一、血清型众多，疫苗防疫效果不理想
禽大肠杆菌病病原为大肠埃希氏杆菌，该菌为革兰氏阴性菌，不形成芽孢。疫苗的预防接种是防治大肠杆菌病较为有效的措施，常用的灭活苗有油乳剂灭活疫苗、铝胶灭话疫苗和类脂灭活疫苗。但致病性大畅杆菌血清型有多个，大肠杆菌根据其菌体抗原(o)、表面原(K)和鞭毛抗原(H)不同可分为多种血清型，国际上报道的致病性大畅杆菌的血清型有o1、o2、o3、o5、o7、o14、o64、o68、o73、o78、o89、o、o等等。家禽常见的致病性血清型有o1、o3、o2、o78等。各地区差异很大，不同地区、不同养殖场的大肠杆菌血清型一般不同，同一地区不同禽舍也有不同的血清型存在，而且可以同时存在，并且同一个养殖场内往往可能有多个大肠杆菌血清型同存在，从而影响大肠杆菌疫苗免疫效果，我们不可能将很多血清型大肠杆菌菌株放在一起制成疫苗使用，所以疫苗免疫效果时好时差。如果条件允许，适当进行特定大肠杆菌疫苗的免疫，可选用当地分离株或自家株制备的疫苗，保护率会高一些。
二、易产生耐药性
养殖场把使用药物当作控制大肠杆菌的主要手段，用药盲目性大，且在实际生产中有时用药不合理，如随意加大剂量或低剂量长时间使用，投药途径不当，不注意轮换用药，造成大肠杆菌耐药严重，导致药效下降甚至无效，药物控制难度增大。近年来在防治本病过程中发现，链霉素、土霉素、四环素等抗生素几乎没有治疗作用，庆大霉素、新霉素有较好的治疗效果，但对这些药物产生抗药性的菌株已经出现且有增多趋势。因此，防治本病时，有条件的地方应进行药敏试验，选择敏感药物，或选用本场过去少用的药物进行全群给药，可收到满意效果。另外，抗菌药物不宜长期使用，药物的滥用会造成机体内微生物菌群失调，即可造成肠道菌群失调，影响饲料利用率，降低增重率，并可导致一系列畅道反应。
三、应激易诱发家禽条件性大肠杆菌病
大肠杆菌普遍存在于自然界和各种动物的肠道内，在禽体抵抗力正常情况下不能致病，当各种诱因使机体抵抗力降低时，即可引起发病。免疫注射、密度过大、转群、换料、气候突变等，对禽群来说都是较大的应激反应，都能降低禽群的抵抗力而感染大肠杆菌病，特别在育锥或育成期，由于注射疫苗、换料等对禽群来说是比较强烈的应激反应，很容易发生大肠杆菌病。由于大肠杆菌是条件性疾病，所以必须减少或减轻引起应急的因素。首先，根据不同种类、日龄给禽群提供适宜的饲养密度、温度、湿度、逐步改善禽舍的通风条件、保持空气新鲜、降低舍内氨气浓度和灰尘等。其次，免疫注射、转群和换料要选择适宜的时机，并且动怍要轻。另外，在气候突变、免疫注射、转群和换料前，可以先对禽群进行预防性用药，提前防止家禽发生条件性大肠杆菌病。
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